La autoridad marítima es garante del control de las normativas internacionales que rigen la seguridad y la prevención de la contaminación del agua y la costa, la reparación de embarcaciones, la adecuación legal para la igualdad de oportunidades de manera de facilitar las hidrovías del río Uruguay y la laguna Merín, así como acciones que incrementen las actividades náuticas deportivas y el control del contrabando y el tráfico de drogas.
La designación del Primer Capitán del Puerto de Montevideo recaída en el Coronel Pablo Zufriategui el 9 de febrero de 1829 es la fecha tomada como aniversario de la creación de la Prefectura Nacional Naval.